自費出版時の著作権（版権）の扱いや権利は？

まず、弊社におけるケースで回答します。

著作権に関しては著者の手元のままとなります。
ただし、同一原稿を他のタイトル名とし発売するのは、読者が混乱するので禁止となります。（発刊した書籍の契約を終了した後で、同一タイトルで他の出版社から再発売することは可能になります。）

出版権に関しては出版社（弊社）に与えてもらうことになります。その権利を著者のもとにしたいと願い出るならば、求めに応じて出版権は著者に返還されます。
出版権が出版社にない場合、流通ができないため、上記の運用としています。
ここで注意点があって、書店にすでに流通済みの書籍を早期回収することはできません。この場合、通常の返本ルールに沿った形での対応となります。

書籍のアニメ化やグッズ販売等の権限や交渉権はすべて著者のものとなるので、自由にできます。（多くの場合、出版社宛に問い合わせがきますので、著者様にお繋ぎする役目を出版社が担います。弊社では間に入り手数料を取るなどを行っておりません。）

書籍の貸与等の権利（いわゆる貸本屋など）は、業界として公益社団法人日本複製権センターと一般社団法人出版者著作権管理機構という団体に処理を委託します。そのため流通書籍であれば、この点は変更ができないということになります。

すなわち、弊社の場合は、発売前後であっても契約自体が終了すると、ほかの出版社から再度発売することは可能ということになります。
弊社のケースは以上となります。

一般的に商業出版の場合は、出版社が著作物利用と出版権を受け、その代わりに著者は印税を出版社から受け取るスタイルとなっています。出版社を通しての自費出版のケースでも、もし出版社を通じて書店流通等を行うのであれば、商業出版と同様に出版契約書を交わし、著作権者と出版権者が決まります。

出版権に関しては、出版社に与えられ、その作品においては出版契約の期間中は、通常他の出版社から出版はできないということになります。（これは弊社の場合で上述した通りです）

また、私家版と呼ばれる書店流通をしない自費出版の場合も著作権は著者にあります。
出版権に関してですが、制作した印刷会社や出版会社に設定されません。

著作権をはじめとする権利関係については契約前に把握しておくことが大事になります。
あらかじめリサーチし、わからないところを出版社の担当の方に入念に聞くことでトラブルを未然に防ぐことができるかと思います。